（1）數據貯存和計算機控制系統
數據貯存采用列表排隊方式。利用計算機用多種圖形來表明各參數間的相互關系，以單參數直方圖，雙參數二維點圖，等高圖等方式顯示。數據分析一般設定正確的分析范圍，劃分計算區(qū)域和計算結果。
（2）流動系統
流動系統是流式細胞儀的心臟，因為細胞懸液在被檢測之前必須首先形成一個很細的穩(wěn)流，細胞在其內部排成單列通過測量區(qū)。細胞懸液和鞘液分別（是分別還是同時）進入流動室，鞘液的作用是使樣品懸液中的粒子組成單一縱列方式通過測量區(qū)，保證每個細胞通過激光照射區(qū)的時間相等，從而得到準確的細胞熒光信息。
（3）激光系統
多采用氬離子激光器。使發(fā)射光在可見光譜范圍內488nm激發(fā)。目前市場上大多數熒光色素適用于此波長。激光的單色性好，功率高，穩(wěn)定。
（4）光學和電子系統
激光束射至經流體力學聚焦的個別細胞和粒子后，光散射在各個方向(360°)發(fā)射。有兩個光散射參數需收集，前向角散射(FSC)主要用于檢測細胞體積的大小。另一為側向散射(SSC)用于檢測細胞膜，胞質，核膜等細胞內部結構及胞質內顆粒。
熒光信號是由對細胞進行染色的特異性熒光染料受到激光激發(fā)后發(fā)射的。熒光波長與激光波長不同，而且強度較弱，因此要使用光學濾片濾除非熒光信號并使用靈敏的檢測器。熒光測量時通常使用線性放大器（即放大器的輸出與輸入是線性關系），適用于較小范圍內變化的信號，如前向角散射和DNA測量。但有時需要對數放大器（即輸出與輸入是對數關系）。如果原來輸出為1，當輸入增加到原來的10倍時，輸出是2。BD_FACSCalibur流式細胞儀在免疫學檢測中常使用對數放大器，因為在免疫學的樣品中，可能有的細胞未被染色而僅有自發(fā)熒光，為陰性群體；被染上色的細胞特異性熒光可能比自發(fā)熒光強數倍到數十倍，為陽性群體。使用對數放大器可以同時分辨出亮度差異大的多個細胞亞群，容易選定不同亞群間的分界點，有利于流式細胞儀的分析和分選。
熒光信號的補償：當用一種激光束同時激發(fā)兩種染料發(fā)射出兩種不同波長的熒光時，兩種熒光發(fā)射光譜有一定的重迭，可用電補償減去不適合熒光通道測定的重迭信號。
（5）細胞分選系統
細胞分選可使被特定的細胞從細胞群體中分離出來。流式細胞儀所測定的任何參數都可以作為細胞分選依據，被選出來的細胞的均一性與所測參數有關。其工作原理是把液滴形成信號在壓電晶體上使之產生機械振動（不太通順），液柱斷裂成一連串均勻的液滴，一部分液滴中包有細胞，如果其特性與被選定要進行分選的細胞特性相符，則帶有特定的電荷。BD_FACSCalibur流式細胞儀帶有電荷的液滴向下落入偏轉板的高壓靜電場時，偏轉落入特定的收集器內，完成細胞分類收集的目的。
